各工作組應於本協議生效後三個月內召開會議，商討信息交換和通報項目、內容、格式、頻率及聯繫窗口等相關事宜。
必要時，各工作組得商定變更相關事宜，並得另設工作分組。
第二章 傳染病防治
五、合作範圍
雙方同意就可能影響兩岸人民健康之傳染病的檢疫與防疫、信息交換與通報、重大傳染病疫情處置、疫苗研發及其他事項，進行交流與合作。
傳染病範圍、類別依雙方各自規定及商定辦理。
六、檢疫與防疫措施
雙方同意依循公認檢疫防疫準則所規範的核心能力，加強合作，採取必要檢疫及防疫措施，避免或減少傳染病傳播至對方。
雙方同意對在己方發現對方的疑似或確診傳染病病人，進行適當處置或協助返回原居住地治療。
七、傳染病疫情信息交換與通報
雙方同意平時應以書面方式定期互相交換傳染病疫情及衛生檢疫等信息。
雙方同意儘速通報可能或已構成重大突發公共衛生事件的傳染病疫情，並持續溝通及通報相關信息。如接獲對方查詢時，應儘速給予回應與協助。
重大疫情通報的內容，包括病例定義、實驗室檢驗數據、疫情來源、病例數、死亡數及採取的防治措施等。必要時，雙方得商定變更通報內容。
如有對方人民在發生重大疫情方受感染的信息，該方應通報對方。
八、重大疫情處置
發生重大疫情方，應即時採取有效監測及處置措施；必要時，得請求對方積極提供協助。
發生重大疫情方，於對方請求時，應提供疫情調查情況，並積極考量協助對方實地瞭解疫情。
九、共同關切的傳染病防治交流與合作
雙方同意就共同關切的傳染病防治策略、檢疫標準、處置措施及其實務演練、檢驗技術與實驗室標本以及疫苗研發等，進行交流與合作。
第三章 醫藥品安全管理及研發
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