由於台灣醫政首長都是醫師出身，所做決策跳脫不了維護醫界權益的框架，最典型的例子是醫學系的設立及招生名額受到嚴格限制，講好聽是維護醫師素質，說穿了也是不想培養太多醫師出來，稀釋醫師的既得利益。
這幾年來，台灣在國際化潮流下，陸續承認九大醫療先進地區醫學系學歷，包括香港、新加坡、日本、美國、加拿大、南非、澳洲、紐西蘭及歐盟等等，決策之前也引起台灣醫界的強烈反彈。去年還鬧出“波蘭醫師”事件，據稱當事人有9成是醫師子女，考不上台灣醫科便另闢蹊徑到波蘭習醫再返台工作，台灣醫學生還曾為此上街頭抗議，鬧了好一陣子。
在大陸習醫的台生爭取學歷採認被台灣醫界杯葛事件，可以從兩方面來看。第一，台灣承認九大醫療先進地區醫學系學歷，卻把大陸排除在外，這是意識形態作祟。馬政府這次開放採認大陸學歷，初步是規劃以985工程的40來所重點大學為主，討論過程中，台灣內部也普遍支持應有把關機制。如果這是篩選方式的一種，對醫學系也應一視同仁，甚或對醫學系把關更嚴格些也會得到支持。但在馬政府現行制度下，居然連國際上擁有盛名的北京大學醫學系學位也不承認，豈不怪哉。
第二，這是保護醫界既得利益心態作祟。由於大陸與台灣同文同種，一旦開放採認大陸醫學學歷，可以想見必然會有大批志在當醫師卻擠不進台灣醫學院窄門的學子跨海到大陸習醫。如果他們返台就業，醫師人數激增，一定會影響台灣醫師的收入。這對台灣醫界生態的衝擊遠甚於外國醫學學位，特別是大陸強項的中醫領域。
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