然而，目前仍有一些障礙阻礙了大灣區科技市場的一體化。他分析道，與普通貨物的通關不同，科研的設備、樣本、數據對流通的透明度和效率要求更高，因此大灣區的科技市場一體化對於科技要素的跨境流通提出了一個緊迫的需求。與之相關的是邊境內開放和邊境開放的問題。深港之間有七個陸路口岸，只有個別口岸是“一地兩檢”，不利於兩地的科技合作。他認為，可以考慮設置“科技口岸”，為科技要素及科研人員設立專門的通道。此外，目前香港與內地之間還涉及市場准入的問題。目前國家已經頒布實施了《外商投資准入負面清單》，但科技人才的流動、境外消費、跨境交付等並不包含在內，不能完全解決大灣區科技一體化的難題。另一方面，香港與內地法制不協同的問題也需要解決，否則無法實現共同的立法保障。這將帶來不小的隱患。
對此，郭萬達提出了兩點建議。第一，聯通港澳的科技市場體系。粵港澳大灣區一體化的第一步就是聯通港澳，包括服務業、科技、政務、金融市場等多方面的體制聯通。他建議編制一份大灣區跨境科技服務貿易的負面清單，用負面清單的管理方式來推動大灣區科技市場體系的建立。
第二，促進粵港澳之間科技要素的高效便捷流動，推動科技人才、科技資金、科技信息的流通。此外，大灣區還要形成若干科技的市場，例如知識產權的市場、數據的市場、風險投資的市場等，通過建設細分市場，來搭建市場一體化的重要支撐。目前，前海和橫琴兩個合作區已經在資金、人才、數據等各方面有了特殊的安排，希望以此為試點，為大灣區的一體化先行先試。
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