其實，在審查期間已經有國民黨“立委”傳出要封殺部分名單，因此馬英九私下透過吳敦義祕書長，傳達可否考慮公開亮票，以確保提名全部過關。但是黨主席吳伯雄期期以為不可，第一、公開亮票違反相關規定，第二、提名過程黨既然完全未參與，就應該讓“立委”嚴格把關。更何況這份名單既然是“大公無私”，也可以公開對外宣示沒有“選舉酬庸”，這是為憲政運作立下良好慣例。
在吳伯雄的堅持下，國民黨籍“立委”投票仍依照規定無記名投票，國民黨也傳達無須向“立委”拜票。而一個禮拜後，七月十一日“立法院”再行使“考試委員”同意權，結果包括副院長被提名人伍錦霖與十九位“考試委員”被提名人則全數過關。
事後國民黨中央特別發了說帖強調，“監察委員”提名二十九位，通過二十五位，從以往紀錄來看，結果並不算差。至於外界討論甚多的沈富雄未能過關，一方面是民進黨在投票策略操作外，他過去在陳由豪給陳水扁“總統”政治獻金案的表現，讓人質疑是否真具有“打老虎”的道德勇氣，這才是沈富雄未能獲得過半同意的最主要原因。
說帖也強調，國民黨已經“完全執政”，必須“完全負責”，加上輿論期許“立法院”行使同意權時要嚴格把關，為國家舉薦出兼具專業、能力、品德操守的人才，讓考、監兩院發揮功能，不要讓“立法院”成為橡皮圖章。而“考試院”人選的全數過關則顯示“總統府”、中央黨部與“立法院”黨團三方良好協調，達成國民黨團結氣勢的成果。
事過境遷，這也讓執政者了解到，行政部門與中央黨部及“立法院”黨團之間的關係，應該要事先加強協調。既然不可能恢復“以黨領政”、也不可能“以政領黨”，至少“黨政同步”是可以期許的目標。因此行政部門指派了五位政府首長出任指定中常委，讓中常會仍有溝通橋梁角色。國民黨籍“立委”在“監委”投票時給“總統”下馬威，這當然會有人怪罪黨中央溝通協調不力。因此難免會有人私下建議是否馬英九改變初衷，回任黨主席，以利黨政一體指揮。但馬英九一上任就碰上金融風暴，加上以全民“總統”施政的角色，難免激起國民黨內若干支持者的不滿。原本吳伯雄繼任黨主席的任期到隔年八月，也就是第十八次全國黨員代表大會召開前就須改選，因此黨內也掀起一股要吳伯雄連任的聲音。
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