楊仁飛表示，兩岸南海合作亦須分層次，依次推進，不能急於求成，其一視合作的可行性與可操作性確定內外合作的優先秩序，在兩岸未有協議之前，各自利用自己的優勢與能力，對外進行調和、干預或採取有利於維護我南海主權、又能促進南海和平的合作舉措，即採取兄弟登山，各自努力的方式；
其二，兩岸南海合作，最理想的方式是追求制度性、機制性及最終達到法制化的安排，如在新階段兩岸謀求建立包括南海事務的軍事安全互信機制與和平協議；
其三，是低敏度與高敏度事務的合作。原則上兩岸先在低敏度事務上進行合作嘗試，然後進行高敏度事務的合作，但兩岸相關機構可根據突發事件的緊急度、重要性也可啟動高敏度事件可行性的合作方案。
楊仁飛還指出，可以項目與突發事件為合作起點的合作路徑，鼓勵兩岸民間共同開發南海，鼓勵兩岸學界深入、全方位開啟南海項目研究，傳遞兩岸共同應對南海爭端的民間決心與意志，鼓勵兩岸官方與半官方機構聯合開展海洋資源調查與研究，大氣與海上氣象預報，海上人員與船只救難與海上安全、漁業資源共同管理等。
楊仁飛建議，兩岸應嘗試建立南海重大事端信息溝通機制，探尋兩岸共同開展南海外交的可行性方案，兩岸應在遵循“一個中國”原則的基礎上，鼓勵台灣利用自身的優勢，特別是民間社會團體在國際舞台上，為捍衛南海主權、傳播海洋文化交流、保護珊瑚礁等在內南海島礁生態環境方面發揮更積極的作用。他還指出，目前兩岸東海、南海未能合作，除了美國的施壓、台灣自身利益的考慮外，兩岸均無各自具體的法律與條例來推動雙方的合作，然而，隨著南海、東海等主權爭端不斷升級，突發性事件增多，兩岸應該提早規劃，因應由此可能引發對兩岸人民生命與財產安全的挑戰。
最後，楊仁飛總結道，兩岸南海合作應從交流開始，從交流中探索合作的可能性，增進合作的意願與彼此的信任，“以小事大以智，以大事小以仁”，小與大、智與仁均是相對的，兩岸各自要有處理複雜關係的智慧與胸襟，禀持同理心，客觀地理解對方的處境與內心感受，且把這種理解傳達給對方，結論不管是暫時擱置爭議，還是分歧中趨向共識，都應影響彼此維護與推動兩岸關係向前的決心與行動。 |
