在成為NIH主任之前，柯林斯從1993年到2008年擔任NIH下屬國家人類基因組研究所（NHGRI）主任，在那裡他領導了國際人類基因組計劃，該計劃在2003年4月以繪制完成人類基因組序列圖而達到頂峰。
在任職期間，他堅定了自己的立場，啟動了他認為是自己最偉大的舉措的“大科學”項目，包括大腦圖譜繪制工作、“癌症登月計劃”、“All of Us”精准醫學研究，以及一個專注於將基礎研究發現轉化為治療方法的新中心。
“很少有人能在有生之年接近柯林斯博士執掌NIH時所取得的成就。”美國衛生與公眾服務部部長澤維爾·貝塞拉（Xavier Becerra）表示，“在三任總統下，在美國歷史的三個截然不同的篇章中，我們需要一個非凡的人來應對我們國家面臨的最大的科學挑戰。從繪制人類基因組到抗擊一個世紀以來最具破壞性的大流行病，柯林斯博士精通科學突破，拯救無數生命，同時釋放創新，造福人類子孫後代。”
《科學》雜誌評價稱，這位會彈吉他、騎摩托車的科學家用平易近人的魅力掩蓋了他的政治智慧，幫助說服國會在停滯了10年之後擴大國家衛生研究院的預算。NIH官網也提到，在他的12年領導期間，NIH的預算增長了38%，從2009年的300億美元增長到2021年的413億美元。
NIH官網新聞稿寫道，柯林斯提出並建立了大膽的舉措，從基礎科學到轉化科學，再到重點項目，以解決美國人面臨的一些最緊迫的健康問題，包括阿爾茨海默病、癌症、阿片類藥物使用障礙、罕見疾病和COVID－19大流行。
在政策方面，柯林斯解決了許多阻礙科學發展的長期問題。他支持應對性騷擾和結構性種族主義的政策和活動，加強臨床試驗的問責和透明度，並確保廣泛的數據共享。他一直是年輕研究人員的擁護者，實施了許多政策，使他們能夠在競爭激烈的研究環境中取得成功。 |
