與此同時，改革中不斷強化上級紀委監委對下級紀委監委的領導，實行查辦腐敗案件以上級紀委監委領導為主，在監督執紀工作規則中明確“監督執紀工作以上級紀委領導為主”的要求，對線索處置、立案審查等報告範圍和程序作出規定。實行各級紀委書記、副書記（監委主任、副主任）的提名考察以上級紀委監委會同組織部門為主，認真落實中央紀委派駐紀檢組組長、副組長和省區市、中管企業紀委書記、副書記提名考察辦法，根據形勢任務發展調整優化提名考察的具體工作流程。同時，對派駐機構實行“三為主”，推動派駐機構考核以派出它的紀委監委為主，不斷建立健全考核評價體系。
深化派駐機構改革，發揮“派”的權威、“駐”的優勢
“經中央紀委國家監委同意，並與中共湖北省委商得一致，中共教育部黨組決定：萬清祥同志任中共武漢大學紀律檢查委員會書記。”2019年初，一則高校紀委書記的任職決定引發廣泛關注。這是自2018年底，中辦印發《關於深化中央紀委國家監委派駐機構改革的意見》後，全國首位由中央紀委同意任命的高校紀委書記。
一年來，中央紀委國家監委認真貫徹落實黨中央關於深化紀檢監察派駐機構改革的決策部署，深入推進中央一級黨和國家機關、中管企業紀檢監察體制改革，將中管金融企業紀委改設為中央紀委國家監委派駐紀檢監察組，並明確黨委書記和校長列入中央管理的高校紀委接受高校黨委和黨組織關係所在地地方紀委雙重領導。據統計，中央紀委國家監委會同中央組織部等有關方面，提名考察新任省區市紀委書記副書記（監委主任副主任）、派駐紀檢監察組（含原派駐紀檢組）組長、中管企業紀檢監察機構負責人以及黨委書記和校長列入中央管理的高校紀委書記326人次，其中從紀檢監察系統內提名190人次，從系統外提名136人次。
地方層面，派駐機構改革同樣加速推進。2019年8月8日，貴州省紀委監委為全省46家省管國有企業、省屬高等院校監察專員辦公室和3家派駐省管金融企業紀檢監察組授牌；11月6日，甘肅省紀委監委召開有關任職宣布會議，宣讀了3名省紀委監委派駐省管金融企業紀檢監察組組長、47名省監察委員會派駐省管企業和高校監察專員的任職通知，並向紀檢監察組、派駐監察專員辦公室授牌……名稱的變化、人員的配強，帶來了紀檢監察新氣象。改革後，派駐機構設置更加科學、職能更加優化、監督更加有力。
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