宗教和極端主義問題更是兩國的頑疾。阿爾及利亞在上世紀90年代就因為伊斯蘭原教旨主義者發難，而陷入內戰狀態，造成十萬人喪生，布特弗利卡總統臨危受命，用鐵腕手段打擊了極端分子，結束了內戰，可以說是阿爾及利亞的再造英雄。但布特弗利卡對經濟問題處理不佳，對於民眾合理訴求一概粗暴回應，使得極端主義的溫床並未被根除，加之鄰國利比亞、馬里等相繼發生內戰，並大量湧現恐怖組織窩點，令阿爾及利亞安全形勢近年來不斷惡化。布特弗利卡80餘歲高齡，對國家的治理能力每況愈下，也是阿爾及利亞重新動蕩的原因之一。
如果說阿爾及利亞老總統布特弗利卡在反恐方面有功於國家的話，那麼蘇丹老總統巴希爾就不甚光彩了。巴希爾依靠軍事政變上台，為了鞏固權力，他與國內外伊斯蘭教勢力長期合作，同拉登、穆斯林兄弟會和宗教政黨烏瑪黨關係曖昧，甚至一度同烏瑪黨領袖薩迪克·馬赫迪共治天下。為了迎合宗教勢力，巴希爾強化並在全國範圍內推行沙里亞宗教法，奉行阿拉伯人至上政策，導致蘇丹南部基督徒分道揚鑣，此外科爾多凡地區和達爾富爾也對巴希爾的政策高度不滿，叛亂此起彼伏，釀成當今蘇丹亂象的惡果。
此外，阿爾及利亞和蘇丹都是與西方關係並不親近的國家，蘇丹還一度是美國的死敵，至今仍然遭受著美國制裁，這也是此二國經濟困境的重要原因。本次兩國出現大規模街頭運動，抗議者就得到了西方的支持，西方還喊話阿爾及利亞與蘇丹政府不要鎮壓抗議者，否則會招致更大制裁，並且對這兩國的軍隊施壓，要求軍方拋棄老總統。
蘇丹在經濟方面走投無路時，巴希爾曾寄望大金主沙特給予援助，但沙特對蘇丹的經濟援助是有代價的，那就是要求蘇丹派兵投入也門戰場，為沙特充當炮灰。幾年來，喪生在也門戰場上的蘇丹軍人已接近萬人，蘇丹民眾反戰情緒日益高漲，指責巴希爾用本國人民的性命為沙特賣命。
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