而在被蔡英文“欽點”參與“執政決策協調會議”的成員名單中，最惹人注目的是邱義仁。這是因為，其他參與者都是名副其實的有決策權的黨公職人員，只有他是例外，一是他的公職只是亞東協會的會長，只是在“後方”協調處理對日關係，還要受到“外交部長”的節制，無論是實質權力還是職務位階，都與其他入列人士並不對稱。因此，蔡英文是以他的另一個職務——民進黨中央的智庫的執行長的名義參與。而這個智庫，在蔡英文參加“總統”大選的過程中，專門為她擘劃未來的執政綱領，其執行長由民進黨秘書長吳釗燮兼任。這個智庫與蔡英文的競選總部一起，是她在“總統”大選中的兩個最重要頂層架構機制。民進黨成為執政黨後，雖然決策權力已經由“總統府”和“行政院”分享，民進黨智庫的功能有所減弱，但仍可在公權力建制外予以奧援。
這就是為何蔡英文在勝選後“組閣”的過程中，有意借助邱義仁的戰略研判分析能力，讓他回籠出任“國安會”秘書長，但他一方面因為對自己在“巴新案”中“受屈”而耿耿於懷，因而對出任公職缺乏興趣，另一方面對“巴新案”中同為被告的前“外交部長”黃志芳對他落井下石而怨恨未消，當得知黃志芳將出任“新南向辦公室”主任，與“國安會”秘書長同在“總統府”大樓內辦公之後，萌生不與其“共戴一個樓頂”之心，而予以婉拒。蔡英文無奈之下，一方面只好將原本規劃出任“總統府”秘書長的吳釗燮，改任“國安會”秘書長，並找來自己當年在“國安會”工作並為李登輝研擬“特殊兩國論”時，得到其實質幫助的“國安會”副秘書長林碧炤，也不顧得他是“老藍男”，填充原應屬於吳釗燮的“總統府”秘書長職缺；另一方面則滿足邱義仁的意願，讓他出任亞東協會的會長。實際上，他曾在日本留學及講座研究，對日本政情極為熟悉，因而在蔡英文競選“總統”過程中，安排她訪問日本，得以見到安倍晉三的弟弟；而他之所以願意“屈貶”自己出任此職，其實是為了制衡在“前方”的駐日代表謝長廷，繼續“新潮流系”與謝長廷的恩恩怨怨——儘管自己已經不再參與“新潮流系”的活動，但心仍在“新潮流系”，以“永遠的流員”為自況。
然而，蔡英文又豈能白白地浪費這個戰略全才，何況她還要報他當年賞識自己，在二零一四年的“總統”大選過程中，先是向陳水扁推薦為“副總統”候選人，後是謀劃未來的“蔬（蘇）菜（蔡）配”人選，因而才有後來她被推舉初選民進黨主席。以至代表民進黨參選“總統”的機會之恩。因此，吳釗燮因出任“國安會”秘書長而辭去民進黨智庫執行長，大家都以為民進黨既然已經執政，民進黨沒有必要再保留智庫，或是認為智庫的功能將會大為減弱之時，蔡英文卻仍然保留智庫，並任命邱義仁為智庫執行長。則就是為了他未來的“重新出山”埋下伏筆，預作鋪墊。 |
