因為實幹，他在復旦也贏得不錯的口碑。復旦大學老校長楊良玉在退休時說，（跟朱之文搭檔的）這三年，是“最快樂、最痛快”的三年。
朱之文強調“大學的治理”。2014年5月，朱之文在《人民日報》上撰文稱，“沒有一流治理，難有一流大學”。他表示，只有深化決策體系改革，健全大學的內部治理，大學發展才能真正建立在科學民主管理基礎之上，建立在貫徹黨的群眾路線基礎之上，中國特色的現代大學治理體系也才能不斷完善。深化決策體 系改革，就是要通過一定的組織形式，充分發揮教授治學的作用，充分發揮師生員工參與民主管理的作用。
朱之文在復旦還經歷了中紀委巡視組對復旦的巡視。
2014年3月31日上午，中央第十二巡視組巡視復旦大學工作動員會召開。時任復旦大學黨委書記朱之文主持會議並作動員講話。
朱之文在會上說，這次中央巡視組到復旦大學進行巡視，積極配合中央巡視組開展工作是學校當前的一項重大政治任務，是每一位黨員幹部應該履行的重大政治責任，也是檢驗黨員領導幹部黨性原則強不強、組織紀律觀念強不強、大局意識強不強的試金石。
“我們要以對黨的事業高度負責、對學校事業高度負責的精神，按照中央對被巡視單位的有關要求，全力支持中央巡視組開展工作。”朱之文說。
朱之文的教育理念頗為鮮明。他支持文理不分科。他說，一個人可以有愛好，有所偏長，但是應該有基本的素養。
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