長期以來，中國一直堅稱新疆分裂集團與境外伊斯蘭聖戰組織有關聯。美國紐約及華盛頓遭受911恐怖襲擊後，中國一直游說美國將東突厥斯坦伊斯蘭運動（East Turkestan Islamic Movement，ETIM）列入美國的反恐觀察名單。
專家稱，東突大致是中國政府用來涵蓋多個不同組織的統稱，包括突厥斯坦伊斯蘭黨（Turkestan Islamic Party，TIP）等，並不是單指一個組織。中國一直聲稱，近年來多起恐怖襲擊事件都有東突有關，包括今年3月昆明火車站的血腥屠殺案。該案導致31人死亡、141人受傷。
突厥斯坦伊斯蘭黨的領導人曾聲援中國境內多起恐怖襲擊，甚至聲稱是該黨所為，但有人一直懷疑該黨是否有能力在數千公里之外策劃恐怖襲擊。據信，該黨總部位於巴基斯坦部落地區，屬法外之地。
新疆的騷亂是否受到境外聖戰組織的影響，這一點也受到質疑。儘管基地組織和伊斯蘭國都利用新疆形勢作政治宣傳，但專家們認為，新疆不穩的根源在於中共的治疆政策。
喬治華盛頓大學（George Washington University）艾略特國際事務學院（Elliott School of International Affairs）國際發展研究部主任西恩•羅伯茨（Sean Roberts）上月對Vice News表示，中國政府對維吾爾族狀況的說辭，仍然強調外部勢力的“挑釁”。
羅伯茨認為，中國政府認為其治疆政策慷慨仁慈，不應受到批評。所以，如果維吾爾人抗拒中央，肯定是外部勢力為了擾亂當地的繁榮和諧狀態所致。
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