“文化大革命”期間，葉飛同志受到誣陷和迫害，他身處逆境，始終堅信黨和人民，與林彪、江青反革命集團的倒行逆施進行了針鋒相對的鬥爭。1975年1月，他出任交通部部長，堅決貫徹中央關於整頓的指示，堅決抵制“四人幫”的干擾，抓班子，抓隊伍建設，抓規章制度的恢復，全面整頓生產秩序，重點推進陸路和水路建設，著力提高運營能力。“四人幫”被粉碎後，葉飛同志煥發精神，在交通戰線積極撥亂反正，千方百計振興國家交通事業。他為我國造船工業的發展，遠洋船隊的壯大，為擴大港口泊位，發展長江水運，為開創高速公路和集裝箱運輸的建設，都作出了突出貢獻。
進入改革開放新時期，葉飛同志致力於海軍部隊革命化、現代化、正規化建設和社會主義民主法制建設，為人民海軍的發展壯大傾注了大量心血，為堅持和完善人民代表大會制度、擴大海內外愛國統一戰線作出了重要貢獻。葉飛同志認真貫徹黨的十一屆三中全會以來的路線方針政策，堅決擁護改革開放，積極引進外資，引進國外先進科學技術和管理經驗。在國務院領導同志的支持下，創建蛇口工業區，對深圳特區的建設起到了積極作用。1979年2月，葉飛同志奉命調到海軍工作，先後擔任海軍第一政委、海軍黨委第一書記和海軍司令員。他堅決執行鄧小平同志關於海軍建設的一系列重要指示，推動人民海軍建設進入了一個新的發展階段。1979年7月，在他主持下，海軍黨委決定在團以上領導幹部中開展實踐是檢驗真理唯一標準討論的補課，端正思想路線，同時抓緊落實政策，解放幹部。他深入部隊掌握第一手材料，對海軍裝備建設、編制體制、戰場建設和提高海軍綜合作戰能力等重大問題，提出了一系列指導意見。1980年在我國向太平洋預定海域發射第一枚運載火箭試驗中，他和其他領導同志一起，指揮部隊首次遠航天平洋，圓滿完成了黨中央、國務院和中央軍委賦予海軍的任務。
1983年6月、1988年4月，葉飛同志連續當選為第六屆、七屆全國人民代表大會常務委員會副委員長，並兼任全國人大華僑委員會主任委員。1984年被推舉為全國僑聯第三屆委員會名譽主席。在全國人大工作期間，他堅持以黨的基本理論、基本路線為指導，認真履行憲法賦予的職責，圍繞改革開放和社會主義現代化建設大局積極開展工作。他多次深入城市鄉村、部隊學校、廠礦企業視察工作，調查研究。他積極落實黨的僑務政策，組織制定《歸僑僑眷權益保護法》，大力支持建設深圳華僑城。他致力於擴大海內外愛國統一戰線，利用自己的影響，積極在華僑中宣傳黨的政策和祖國建設成就，聯絡愛國華僑支持祖國現代化建設，推進祖國統一大業。
1993年3月，葉飛同志從領導崗位上退下來後，仍孜孜不倦地努力學習，始終關注黨的事業和軍隊建設，關注祖國的統一大業，對建設中國特色社會主義充滿信心，表現出一個忠誠的共產主義者對黨、對人民的赤誠之心。
葉飛同志1955年被授予上將軍銜，榮獲一級八一勛章、一級獨立自由勛章、一級解放勛章。他是第一屆、二屆、三屆國防委員會委員，中共七大、十三大代表，十五大特邀代表，中共第八屆中央候補委員、委員，第十屆中央候補委員，第十一屆、十二屆中央委員。1988年榮獲一級紅星功勛榮譽章。
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