在美台防務工業會議演講時，吳釗燮指出，馬王之爭使得公眾對馬英九發動權力鬥爭感到憤怒，並對馬不經正當法律程序的種種行為是否合乎“憲法”提出質疑，其民意支持率也跌至空前的9.2%。他說：“人們可以合理地提出問題：‘總統’在政治不穩中的低支持率，會否影響他作為總司令的能力和軍隊的士氣？我想合理的答案是：是的。”
至於國民黨政爭發生後，中國大陸學者與民進黨學者的“二軌對話”有沒有探討台灣政局，吳釗燮對中評社記者表示，他已經有一段時間沒有接觸中國學者，可能有與民進黨親近的學者到中國去，但具體情況他並不了解。他表示，相信中國學者想要了解台灣政局下一步何去何從，而北京知道民進黨或許會卷土重來，與民進黨接觸也不是最近的事情。
吳釗燮說，他到民進黨中央黨部工作後，發現中國試圖了解民進黨的態度積極了許多，中國有學者到民進黨中央黨部來，在外也有機會碰面，透過各種機會了解民進黨的兩岸政策、對內政策和台灣內部的政治動態，興趣比原來大。他說，中國學者與民進黨有溝通管道，他們要來民進黨中央黨部找人聊天，隨時可以來，沒問題。 |
