分到哪一級
“分稅制的主要矛盾還在中央和省之間，中央和省分不好，省以下再怎麼分，都不可能分好。”
分稅制究竟應該執行到哪個層級，也是個爭論不休的問題。
在近期舉辦的博源基金會成立五周年學術論壇上，財政部財政科學研究所所長賈康炮轟了質疑分稅制的人。“我覺得板子完全打錯了地方。”他說，“1994年以後出現的問題，如果做病理分析其實並不複雜，不是分稅制帶來一大堆問題，而是分稅制在省以下貫徹遇阻，沒有體現正面的意義。”
此前賈康就曾撰文指出，分稅制改革後出現的縣鄉財政困難、地方政府財權與事權不匹配、土地財政、跑部錢進等問題，正是因為分稅制沒有貫徹到位所致。
1994年分稅制改革主要確定了中央與省級政府之間的分稅方式，但沒有具體規定省以下各級政府間的財政關係，這使得中國地方稅體系至今沒有成型，省以下沒有形成真正的分稅制。比如浙江、江蘇等省曾公開表示，省內不搞分稅制而是分成制，而其他地方也僅是名義上的分稅制，實際是五花八門、討價還價色彩濃重的分成制。
當年省以下分稅制沒有得以推行，是因為現有19個稅種中大的稅種均由中央政府收繳，地方僅剩一些小稅種，省以下政府無稅可分。另一個原因則是兩個金字塔的錯位——中國大部分省市經濟是“倒金字塔”結構，越大的企業集聚在越大的城市，而財政支出則是“正金字塔”結構，越是基層越要相對支出更多。而2006年，主要由地方收取的農業稅廢除之後，更是讓縣鄉沒有稅源來供養當地政府。
針對這一問題，賈康等提出的解決方案是通過政府“扁平化”，縮減政府層級，推廣“鄉財縣管”和“省直管縣”模式，由五級政府變為三級政府（中央－省－縣），三級政府實體各自有合理的稅基和舉債權，建立三級現代預算制度。
但這種主張遇到不少質疑。五級行政區劃隸屬體系由古代沿革傳承而來，與人口規模、方言、文化、宗教、習俗等諸多因素相關，若為分稅制而輕易打破，有“削足適履”之嫌。況且三級政府也並非世界通行的行政方式——據劉尚希介紹，全世界兩百多個大小國家地區中，真正實行三級政府的只占20%。
更重要的是，這依然解決不了稅源分布與支出責任倒掛的問題。
“我認為省以下實行完全的分稅制是不可能的，越往下按照稅種劃分收入的比重會越少。到縣鄉一級，基本無稅可分，本身那一層就沒收入，怎麼分？”許善達對南方周末記者說，“分稅制的主要矛盾還在中央和省之間，中央和省分不好，省以下再怎麼分，都不可能分好。”
劉尚希也公開反對將分稅制“一竿子插到底”地在省級以下貫徹的主張，“省以下政府間如何去劃分財力，是分稅制還是其他辦法，這是一個途徑選擇的問題，要根據各省具體情況而定，不能一刀切”。他對南方周末記者說，即使在美國，分稅制也只是在聯邦和州政府之間施行。
財權是放還是收
財政集中度到底應該放還是收，至今尚不明確。
事實上，當年的改革雖然名曰“分稅制”，其動因和目的卻正是為了提高財政集中度。
據曾任浙江省財政廳廳長的翁禮華在《共贏的博弈》一書中記載，前財政部長項懷誠回憶說，1993年5月，從美國留學歸來的青年學者胡鞍鋼撰寫了一份報告，當年6月，胡鞍鋼向財政部及中央有關部門負責人做了介紹。該報告假設地方政府是惡的，中央政府是善的，並認為南斯拉夫聯邦解體的“致命因素”，是中央汲取財政能力不斷下降，地方財力過大。在1996年一篇題為“分權是有底線的”文章中，胡鞍鋼也指出，當時世界上只有前南斯拉夫與中國兩個國家超越了分權的底線。經濟界盛傳當時分稅制的實行與這份報告有關，但實情如何外界不得而知。
巧合的是，早在1986年，當時尚是青年學者的樓繼偉也曾在《經濟社會體制比較》雜誌上發表過題為“吸取南斯拉夫經驗，避免強化地方分權”的文章，“我認為最不該做的事情是削弱中央的宏觀管理，強化地方分權。這種危險在我國目前的改革中不是不存在的。”
事實上，分稅制之前，1992年時中央財政收入僅占全國財政收入的22%。一位原國家體改委人士告訴南方周末記者，中央財力困難到三次向地方政府借錢，“最後一次還是小平同志親自出馬，向上海借了10億元”。
1994年分稅制挽救了岌岌可危的中央財政，使中央財政收入迅速提升到50%以上，直至近兩年才降至48%。而中央的財政支出僅占總財政支出的不到20%，地方則超過了80%。也就是說，地方政府財政支出的約40%，來自中央的轉移支付和稅收返還。這使中央可以對地方政府保持強有力的控制。
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