村田教授還從釣魚島的自然地理位置對其歸屬問題做出說明。從地理位置上看，釣魚島等島嶼位於中國大陸架上，其與西南諸島之間隔著深度超過2000米的沖繩海槽這一天然屏障，並且流經這一海域的黑潮非常強勁，當時當地民眾所使用的獨木舟這種交通工具很難跨越這一海槽，所以琉球漁民可以說是不可能前往釣魚島等島嶼附近進行捕魚的。這也是說明釣魚島等島嶼未能繪入琉球地圖的一個重要原因。
揭示日竊取釣魚島過程
村田教授的新書關於日本政府竊取釣魚島等島嶼過程的部分，給出非常詳細的答案和史料分析。當日本歷史進入明治政府後，1879年明治政府廢除琉球藩設置沖繩縣，當時還提出將沖繩本島以北的部分劃歸日本，將宮古島、八重山等西南諸島劃歸清朝的“琉球分割方案”，但就是方案實施前，因琉球民眾的強烈反對而未果。
1883年12月，西村捨三出任沖繩第4任縣令。1885年，根據明治政府山縣有朋內務卿的命令，西村在短短一個月內便完成了對大東島的調查和設置地標的任務。而對於此後山縣下達的要求對釣魚島、久場島（黃尾嶼）等島嶼的調查和設置地標的命令，西村依據這些島嶼在清朝册封使所著的《中山傳信錄》等著作中均有記載為由，對設置地標一事表示了擔憂，最終只是進行了調查但並未設置地標。1885年9月6日，上海《申報》對日本欲竊取釣魚島等島嶼一事也做出了報道，為避免外交糾紛，時任日本外務卿井上馨也建議暫緩設置地標一事。1885年12月5日，日本政府決定為避免與清朝政府發生糾紛，暫緩將釣魚島等“無人島”“納入日本版圖”。此後的1890年1月和1893年11月，沖繩縣的兩任知事先後上書要求將釣魚島等“無人島”“納入日本版圖”，最終未獲同意。1894年7月，日清戰爭（即甲午戰爭）爆發，在清政府節節敗退的形勢下，日本內務省認為形勢已經發生根本性變化，遂於當年12月再次決定啟動將釣魚島等“無人島”並入日本版圖。
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