二、關於機構改革和職能轉變的指導思想和原則
深化國務院機構改革和職能轉變，要高舉中國特色社會主義偉大旗幟，以鄧小平理論、“三個代表”重要思想、科學發展觀為指導，按照建立中國特色社會主義行政體制目標的要求，以職能轉變為核心，繼續簡政放權、推進機構改革、完善制度機制、提高行政效能，加快完善社會主義市場經濟體制，為全面建成小康社會提供制度保障。
深化國務院機構改革和職能轉變，必須堅持人民主體地位，最廣泛地動員和組織人民依法管理國家事務和社會事務、管理經濟和文化事業；堅持解放和發展社會生產力，激發市場和社會活力；堅持精簡統一效能，優化機構設置和職能配置；堅持創新制度機制和管理方式，提高政府管理服務能力；堅持強化對行政權力的制約監督，確保政府按照法定權限和程序履行職責；堅持從我國現階段實際情況出發，與經濟社會發展和改革開放進程相適應。
這次改革，要以更大力度，在更廣範圍、更深層次上加快國務院機構職能轉變，重在向市場、社會放權，減少對微觀事務的干預，同時改善和加強宏觀管理，嚴格事後監管。這項任務更加艱巨、更為複雜。
三、關於國務院機構改革
建立中國特色社會主義行政體制，需要不斷探索，穩中求進。國務院機構改革相應也有一個不斷深化的過程，既不能一蹴而就，也不能止步不前。這次改革，要充分利用各方面有利條件，堅定推進一些重點領域的機構調整；同時要充分考慮當前經濟社會發展面臨的複雜形勢和各種風險挑戰，保持國務院機構總體相對穩定。對有些長期存在、社會高度關注的問題，通過職能調整解決，或適時通過必要的機構調整解決。
改革的重點是，緊緊圍繞轉變職能和理順職責關係，穩步推進大部門制改革，實行鐵路政企分開，整合加強衛生和計劃生育、食品藥品、新聞出版和廣播電影電視、海洋、能源管理機構。具體內容是：
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