1996年中國大陸公布其領海基點基線，1998年台灣方面也公布了領海基點基線。由於相關專家的事先溝通，並取得了兩岸政府領導的諒解，雙方並未公布各自實質管轄領域以外的領海基點基線。換言之，除了金門、馬祖水域按照劃定直線基線的方法，“不得不”被框入大陸福建沿海的領海基線內，成為國際間少見的特例之外，其他中國水域的領海基點基線都分別由兩岸各自管理的中國政府公布，沒有任何衝突矛盾。
在此默契之下，由於釣魚台列嶼自古屬於中國，地理上又非常接近中國的台灣，即便在台灣的日據時代，也已是台灣的附屬島嶼，所以釣魚台列嶼的領海基點基線當時是由台灣劃定、宣布的。
現在，為了對抗日本把釣魚台列嶼土地國有化的挑戰，大陸採用其一貫的直基線劃法，宣布了另一套釣魚台列嶼的領海基點基線，與台灣1998年宣布的（自然）基線完全不同，這就形成了兩岸之間的矛盾。其法律效果至少有下列數端：
第一、如果未來有日本或其他外國的人員、船舶、飛行器，非無害通過而侵入釣魚台的12海裡領海或進入內水範圍者，到底是由大陸出面管轄呢？還是由台灣出面管轄？
第二、未來在管轄執法時，如果非法侵入的該外國方企圖“選法舞弊”，主張“另一套中國領海基點基線”的適用，辯稱“未侵入”或“屬無害通過”者，此時管轄法院該如何面對這種選法舞弊？
第三、如果有大陸或台灣的漁船在釣魚台水域作業，涉及非法，為海峽對岸一方甚或日本所逮捕，屆時應有何方面出面解決，進行談判、調解、或司法管轄？ |
