深圳的自主創新產業工程包括設立一批重大科技專項，力爭在新一代重點產業上有重大科技突破並且實現在應用上的商業化。深圳率先在全國制訂了生物、新能源、互聯網三大新興產業的專項規劃。
作者認為，在生物產業上，以基因技術為核心，以生物製藥作為產業重點，重點發展基因組、生物疫苗、轉基因動物、轉基因植物等關鍵技術的應用產業化。深圳的中長期目標，是通過10 到15 年的努力，將生物醫藥產業發展成為和深圳的通訊電子行業等量齊觀的又一個支柱行業。
在新能源產業上，深圳重點發展太陽能光伏、LED光電和新能源汽車。其中以比亞迪為代表的純電動汽車的研發與產業化，在全國和國際上都獲得了很大的關注。如果深圳能夠在電動汽車產業化上取得突破，勢必成為全球新能源產業的一個重鎮。
在互聯網產業上，深圳在擁有騰訊、迅雷等著名企業的同時，把電子商務作為未來互聯網產業的發展重心。作為全國最大的電子消費品、服裝、珠寶等網上交易的熱門產品交易中心，深圳的B2C 網上零售市場約佔到全國三成份額。深圳還積極推動B2B的電子商務，目標是從一個IT業製造城市邁向IT服務業城市。
同時，深圳還制訂了自主創新人才聚集工程，旨在引進高層次的國內外科技人才。未來5 年，深圳每年將投入3 億至5 億元，用於海外高層次人才配套服務和創業專項資助。在配套服務方面，吸引海外人才的“孔雀計劃”規定，除給予80 萬至150 萬元的獎勵補貼外，還將配套出台居留和出入境、落戶、子女入學、配偶就業、醫療保險等一系列政策，努力營造良好的綜合配套環境。在創業扶持方面，對於引進的世界一流團隊給予最高8000 萬元的專項資助，並將配套出台在創業動、項目研發、成果轉化、政策配套等方面的創新創業資助政策。
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