書院是學術研究的核心。這是書院最為主要的功能。因此，書院就要以學術研究為核心，不但研究古典哲學思想和文化，也要致力於新的學術研究，才能與時俱進，和這個時代精神合拍，不然，就會脫離社會、脫離實際，其生命注定不會長久的。
當代中國社會處在一個偉大的轉型期，也是正在發展的社會，不但在政治經濟方面發展，而且在教育文化方面也在發展，面對這個實際，書院就要高揚起精神的旗幟。這個旗幟就是：培育進步的道德思想，傳播先進的文化，研究前沿的學術，為社會服務，為我們這個經過170年來的艱難探索，現在才慢慢走向現代化的中國服務。
書院的研究領域應該擴展，要有高瞻遠矚的視野，研究的問題不但有現實性，而且還應有前瞻性。現實性就是為當代社會的工業發展、農業發展、教育發展、文化發展和思想發展以及研究馬克思主義如何在我國民族化、大眾化，如何和我國的具體的不斷變化的實際相結合，這才是書院的研究價值的重點部分。這也是書院和社會現實對接的最佳途徑。
書院的學術研究應該堅持正確的方向，其著力點是構建社會主義核心價值體系，是研究社會主義和諧社會的建設，是貫徹落實科學發展觀。——任何學術研究，都不能離開時代的要求，不能無視於時代現實，書院也是一樣，必須在我國現實社會裡尋找自己的研究課題，都應該切實回答現實社會存在的緊迫問題。
書院學術研究要保持自己的品格，這是書院精神形成的關鍵。書院是學術研究的一塊淨土，是高尚思想和純潔的精神園地，不應被一些醜惡的東西玷污，更不應糾結到醜惡之中去，這也是古典書院值得肯定的精神之一。現代社會的書院要繼續張揚這種精神，永遠矗立在時代精神的高峰。
書院要堅持以社會主義核心價值體系建設要求來整理古典經籍，弘揚傳統文化，摸索具有民族特色的社會主義文化建設問題，為當代社會提供優美的古典文化精華，來陶冶廣大人民群眾，特別是青少年一代，也為我國傳統文化的傳承做貢獻。
書院精神應該體現時代精神，應該明確方向，弘揚主流哲學與思想，分析當前學術界流行的一些觀點和思潮，比如：新自由主義、民族主義和新左派，要旗幟鮮明地抵抗歷史虛無主義，弄清我國當代社會的發展趨向，引領當代社會精神，關注當代社會人的心靈，關注當代社會的文化生活。
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