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| 《台灣史料集成：明清台灣檔案彙編》共5輯、110巨冊完工。 |
十月底由台灣“文建會”、台灣歷史博物館、台大圖書館、遠流出版社合作出版的《明清台灣檔案彙編》舉辦一一○冊全書發表會，完整整理台北故宮、“中研院”、中國第一歷史檔案館等兩岸機構所藏的明清台灣史料。相隔兩周，由中國第一歷史檔案館、大陸海峽兩岸出版交流中心合作編纂，九州出版社出版的《明清宮藏台灣檔案彙編》，十日在台發表。
兩岸恰巧同時編纂、出版台灣檔案史料，連資料來源亦有重疊。中國第一歷史檔案館館長鄒愛蓮對台灣方面的做法有所不滿。台灣《明清台灣檔案彙編》整理的資料，部分來自第一歷史檔案館，鄒愛蓮表示，第一歷史檔案館的檔案公布權在館方，台灣方面若要有系統出版該館檔案，應獲館方同意，“可是我沒有收到知會。”
第一歷史檔案館編研部主任李國榮則私下表示：“台灣已造成侵權。”
《明清宮藏台灣檔案彙編》共二三○冊，目錄就足足兩冊，收錄第一歷史檔案館館內一千多萬件台灣相關檔案，以原件翻拍、影印方式呈現，滿文檔案加上漢譯對照，內容詳實。
對《明清台灣檔案彙編》的作法感到不滿的不只第一歷史檔案館，台北故宮也不以為然。
台北故宮副院長馮明珠表示：“他們將故宮過去十多年來整理出版過的檔案，重新打字、排版成書，卻完全沒有知會故宮，書上既沒打上故宮的名字，每件檔案後也沒列出典藏單位，讓人無法還原對照，在學術倫理上是有問題的。”
針對這些指控，主持《明清台灣檔案彙編》編纂的成大台文系系主任吳密察回應：“如果我到美國某個檔案館，把我需要的台灣檔案抄錄出來，標點、整理出版，你說有沒有侵權？”他以西方的學術慣例，反駁“侵權”之說。
參與編纂的台大圖書館一位不願具名編輯則稱，這套書的史料來源為兩岸各單位整理出版過的檔案內容，等於是引用已公開資料。
相關領域律師表示，著作權法保護作者本人終身及作者身後五十年，明清檔案顯然已超過這個期限，《明清台灣檔案彙編》引起的爭議，應不構成著作權侵權問題，比較屬於文化資產法相關領域。
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