按照原定的安排或設想，中央工作會議和十一屆三中全會主要是討論經濟問題。華國鋒在中央工作會議開幕式上宣布會議的三項議程：一是討論農業問題；二是商定1979年、1980年兩年國民經濟安排；三是討論李先念在國務院務虛會上的講話。
此時已是中國馬年的歲末，奔忙一年、“到處點火”的鄧小平已經對如何解決中國的問題成竹在胸，他的一些主張已得到各省、市、自治區負責人的支持。因此，在中央工作會議開幕之前，他在中央政治局常委會上提出，建議在三中全會上討論自1979年1月1日起實現黨的工作重點的轉移問題，同時，對“兩個凡是”問題和真理標準討論問題做出結論。鄧小平認為，“只有解決好思想路線問題，才能提出新的正確政策”。鄧小平的提議得到了中央政治局大多數常委的贊同，華國鋒被迫接受，同意工作會議在進入原定議程之前，先用兩三天的時間，討論工作重點的轉移問題。
在開幕式的講話中，華國鋒代表中共中央政治局常委宣布了會議要先進行關於黨的工作重點轉移問題的討論，但只字不提在全國熱烈展開的關於“實踐是檢驗真理的唯一標準”的大討論，也沒有表示“兩個凡是”應該否定。引起了到會代表的不滿。
開幕式之後，中央工作會議分為華北、東北、華東、中南、西北、西南等6個小組進行分組討論。11月12日，剛剛開始分組討論，在中國政壇沉默已久的陳雲在東北組作出了第一次發言，便使整個大會為之震動！
陳雲在東北組的發言中講道，從明年起把工作著重點轉移到社會主義建設上來，我完全同意中央這一意見。安定團結也是全黨和全國人民關心的事，幹部和群眾對黨內是否能夠安定團結，是有所顧慮的。對有些遺留的問題，影響大或者涉及面廣的問題，是需要中央考慮和做出決定的。
陳雲提出要把“文革”大案“六十一人叛徒集團”翻過來，因為他在延安擔任中共中央組織部部長7年，深知這一案件內情，認定“薄一波等61人出反省院是黨組織和中央決定的，他們不是叛徒”。接著，陳雲對“文革”中的大案――陶鑄以及王鶴壽案件提出尖銳意見：“這些同志，現在或者被定為叛徒，或者雖恢復了組織生活，但仍留著一個尾巴，例如說有嚴重的政治錯誤。……我認為，專案組所管的屬於黨內部分的問題應當移交給中央組織部，由中央組織部複查，做出實事求是的結論，這些結論都應該放到當時的歷史情況去考察。像現在這樣既有中央組織部又有專案組，這種不正常的狀態應該結束。”同時，陳雲為彭德懷冤案提出平反。
隨後，他又提及了最敏感的話題――“天安門事件”，認為“這是幾百萬人悼念周總理，反對‘四人幫’，不同意批判鄧小平同志的一次偉大的群眾運動，而且在全國許多大城市也有同樣的運動。中央應該肯定這次運動。”
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