有人統計，皇太極在位期間，滿洲貴族僅與蒙古科爾沁部聯姻就達十八次之多。皇太極之子順治帝與其父親一樣，也是近親婚配或亂倫婚配:孝莊文皇后的兩個侄女，都嫁給了順治帝，一個封為皇后(即孝惠皇后，後被廢降為靜妃)，另一個封為淑惠妃，順治帝娶的這兩個妻子，是他同一個親舅舅的兩個女兒，都是他的表妹；後來，孝莊文皇后的一個侄孫女，又嫁給順治帝為妻，後被封為孝惠章皇后。這就是說，順治帝不僅娶了兩個表妹，還娶了表侄女為妻。而從蒙古科爾沁部首領莽古思的角度來講血緣倫理，他將女兒(孝端文皇后)嫁給了皇太極，又將兩個孫女(孝莊文皇后、宸妃)嫁給了皇太極，後又將兩個孫女(靜妃、淑惠妃)、一個曾孫女(孝惠章皇后)嫁給皇太極的兒子順治帝福臨。
為了增進與强大的蒙古部落的聯盟，金國大汗、大清國皇帝、王、貝勒等貴族不僅娶蒙古女子為妻，還把自己的女兒嫁給蒙古王公貴族。清國初創時期，大清國第一帝皇太極，將長女至四女幾個十二三歲以上的女兒，都嫁給蒙古各部落的王子王孫。其中，三女固倫端靖長公主、四女固倫雍穆長公主，嫁給孝端、孝莊兩位皇后的娘家子孫。其他幾個女兒在皇太極死後出嫁，多數也嫁給了蒙古王孫公子。至清政權入關中原後，北不斷親，加强與蒙古各部落的政治聯姻，仍為曆朝清帝奉行的基本國策。這里邊，也存在著近親婚配甚至亂倫婚配。
清政權入關後，受中原倫理觀念影響，對皇室的近親婚配和亂倫婚配逐漸限制。康熙朝規定:閱選秀女時，秀女中屬後族近支或母族屬愛新覺羅之女的，應當予以聲明。嘉慶朝規定:挑選秀女時，屬皇后、皇貴妃、妃嬪親姐妹的，加恩不予挑選。規定歸規定，實際上近親婚配和亂倫婚配依然存在。順治帝娶一等侍衛佟國維的姐姐佟佳氏為妻，佟佳氏所生第三子即康熙帝玄燁，她後被尊為孝康章皇后。後來，康熙帝娶佟國維的女兒為妻，她就是孝懿仁皇后；孝懿仁皇后的一個妹妹也嫁給了康熙帝，後被尊為惇怡皇貴妃。這就是說，康熙帝娶了兩個同父表妹為妻。佟國維對於康熙帝來說，既是親舅舅，又是岳父大人。到了晚清，光緒帝同時娶原任侍郎長叙的兩個女兒他他拉氏為妻，姐妹倆分別被封為瑾嬪和珍嬪。此類現象還有不少，上述僅是其中兩例。
女真(滿族前身)初興時期僅三萬人，蒙古則有四十萬鐵騎。弱小的滿族要實現擴張雄心，奉行滿蒙聯姻，不失為高明之舉。金國大汗、大清國皇帝、王、貝勒等貴族娶蒙古女子為妻，又將自己的女兒嫁給蒙古王子王孫，其間夾雜著嚴重的近親婚配甚至亂倫婚配，如此相襲，親上加親，有的因姑侄同嫁一人，親到了扯不清倫理的地步。滿蒙聯姻的結果，帶來了滅亡明朝、入主中原的輝煌勝利，同時，近親和亂倫婚配又伏下了滿洲皇族毀滅的因子。
綜觀清代皇帝，總體上越到後來生育能力越差，所生子女早夭比例越高。
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