南科大此前提出的口號是“一步到位”，朱清時曾向早報記者表示，這是因為按照教育部相關規定，辦大學從大專開始，想建設研究型大學起碼花幾十年，而南科大“直接按一流的標準引進教師和學生，主要還是想從根本上改變中國大學設置的問題”。在這種思路下，南科大屬於“非法辦學”，而教育部通知的出台後終於合法。
此前曾有參與南科大籌建的3名香港科大教授，最後退出。3人去年在接受早報記者採訪時表示，南科大在沒有完整的學科架構、課程設置、培養計劃等的情況下，強行招生，是對學生的不負責任。而去年6月，已有一名大學生退學。針對上述現象，朱清時去年6月告訴早報記者，學校正著手進行相關學科、招生上的建設，並正在面向全球招聘師資。
專家擔心更大行政干涉
對於教育部的通知對學生是否有利，21世紀教育研究院副院長熊丙奇表示，南科大的學生本就是因為在乎教育質量而主動選擇了南科大，並不是為了教育部所承認的學歷。而如果該通知之後，南科大受到更大行政干涉，自主辦學的空間進一步縮小，這才是對學生真正的影響。
熊丙奇認為，在現有的《教育法》和《高等教育法》的陳舊框架下，推進教改跟依法辦學本身就是矛盾的。至於通知是否會影響南科大的既有辦學宗旨，熊丙奇表示，此通知可看作南科大正式進入體制內。但因通知中的規定都比較籠統，需看到更具體的措施，才可知道南科大是否“被收編”。
“尚不能說南科大被收編”
對話21世紀教育研究院副院長熊丙奇
提問：是否可以看作南科大被教育部收編？
熊丙奇：不能這麼說。通知上說的還比較籠統，對於南科大的具體招生、學科設置、培養模式等沒有具體涉及，關鍵還要看南科大接下來如何落實辦學自主權，如果它未來的招生、辦學、對學生的培養方案等缺少自主權，受到行政干預，那才是真正被收編。接下來可以觀察的是南科大今年如何招生，如果它是像去年一樣自主招生，或者是雖然經過高考後仍然自主招生，這樣就可以基本視為仍然在推進改革。但是如果是經過高考後進行集中錄取，那才可以說是被收編。
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