同時，儘管金磚國家已建立了多個合作機制，但是，金磚國家仍然需要提升機制設計能力，不斷提高合作機制的質量。由於金磚國家在方向性、制度性與統一性等方面仍有諸多缺陷，影響到了金磚國家的“軟實力”，金磚國家應進一步明確今後合作的發展方向、定位與發展重點，盡快在方向定位等核心方面形成共識，從而促進金磚國家合作機制實現可持續發展，最終形成國際新秩序中一支新興政治力量。
具體而言，金磚國家面臨著以下諸多挑戰：
第一、長期以來，金磚各國之間存在著其固有的結構性差異和矛盾。在政治立場上，各國大多從本國利益考量，存在不同的偏向；在政治制度上，金磚國家選擇也不一樣；而且金磚國家在對外戰略選擇方面，存在著不同的戰略定位與戰略訴求。
儘管金磚國家從四國發展成了五國，但並沒有形成一種組織性、高度制度化的安排機制。這種鬆散的組織結構使各國之間本身存在的問題與矛盾沒有得到溝通與化解。儘管金磚國家首腦實現了多次會晤，但只是強化了共同立場，並沒有形成約束力。金磚國家應形成具體的落實措施於步驟，避免立場大於行動。
第二、金磚國家之間存在著諸多短期內難以消除的矛盾。
首先，儘管中國與俄羅斯建立了戰略協作關係，反映了中俄在政治關係中處於較高的發展水平，但是兩國的經濟合作發展水平則遠遠落後於政治關係的發展，存在著一些因素阻礙著雙邊經濟合作的發展。近年來，隨著中、俄兩國經濟的發展，雙邊摩擦和衝突時有發生，但中、俄尚未在雙方各領域與層面上建立相應應急預警與交涉機制，中俄實現真正意義上的戰略合作關係，尚待時日。而且，隨著全球金融危機的蔓延，俄羅斯對華防範心理隨著中國崛起而不斷加深。已嚴重影響了中俄雙邊關係的深入發展。
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