兩岸在分析和處理這些敏感複雜問題上也存有一定的分歧。兩岸應以何種方式參與TPP對雙方更為有利，需要雙方加強協商，加強合作。在增進兩岸政治軍事互信的問題上，美國是最主要的外部因素。美國對台軍售問題，不僅影響中美關係，同時也影響著兩岸關係，從更大的格局來看，對整個亞太格局都有重大影響，決定著未來亞太政治、軍事總體格局的走勢，決定著相關國家和地區之間的戰略平衡。兩岸如何看待，如何處理，這對雙方來講都是重大考驗。可以說，美國對台軍售已經成為兩岸兩軍關係發展的一大障礙。如果兩岸要真正建立軍事互信機制，美台軍售問題是必須要率先解決的重要問題，但這一問題的背後是更為複雜的中美關係、美台關係及兩岸關係之間的互動與博弈。
在處理兩岸經濟關係以及兩岸政治軍事關係問題上，兩岸應抓住機遇，趨利避害，順勢而為，方有可能實現更大的互利雙贏。從兩岸關係的外部環境來看，當前和平與發展仍是世界的主題。雖然世界政治經濟格局仍處於變化當中，但總體上，世界各國各地區都迫切需要穩定的政治環境。世界經濟在經歷金融危機後，正在緩慢復甦，世界經濟的發展需要穩定的政治環境。從兩岸所處的亞太地區來看，目前該地區已經成為世界經濟最具活力的區域，以中國大陸為首的亞太眾多新興國家的不斷崛起，不僅成為地區經濟發展的動力，也為世界經濟的提振創造了更多的機遇，注入了新的活力。
而兩岸經濟自2008年以來不斷交流融合，在ECFA下，兩岸經濟合作已經全面進入“深水區”，兩岸經濟一體化進程不斷加快，為兩岸關係和平發展奠定了堅實的基礎。而由兩岸關係改善，經濟合作不斷密切帶來的兩岸人員往來及各領域交流合作，已經讓和平發展成為兩岸關係的方向和潮流。
在兩岸經濟加快融合的大趨勢下，兩岸面對TPP的挑戰，更應緊緊抓住兩岸經濟合作五年多來取得的諸多成果，在進一步加強經濟合作的同時，找到兩岸經濟合作的共同點，並努力將其擴大化，優勢化，以兩岸經濟的整體去面對世界經濟發展的挑戰，面對TPP協議下的各項談判。當下兩岸最緊迫的任務，就是要抓住時機，加快ECFA後續協商談判，將兩岸經濟進一步整合在一起，實現優勢互補，資源共享，共同提升經濟體的質量和競爭力。只有兩岸經濟體質真正實現提升，才能夠面對國際風雲的變幻，加入TPP也才能夠有更大的資本和籌碼。抓住機遇，苦練內功，加強合作，是當前兩岸的最大任務。
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