事實上，大陸在未通知台方之下，即逕自發佈M503這條航線，由於離台海中線過近，所以又造成台方某些人出現“木馬屠城記”的想像；有些人也認為大陸這時提出劃設這條航線，主要是因為國民黨在九合一選舉中大潰敗，所以認定大陸有意劃設這條航線是為了對民進黨施壓。
而3月2日在兩岸民航的“小兩會”溝通中，大陸說明M503上海航線是為了地區經濟社會發展與航線安全的需要才劃設這條航線，而且也為旅客出行提供安全、便捷、便利的需要，所以是一條有利台海穩定的安全通道。因此，陸方希望台灣對M503航線的劃設有更全面的了解，也對大陸釋出的善意有充分的體認，希望兩岸民航合作保持良好的勢頭，為增進兩岸的福祉做出新的貢獻。
依照大陸的說明，在兩岸民航“小兩會”中，大陸也釋出很大的善意：
一是，M503是上海飛行情報區，使用的是上海的空域，不會進入台北飛行情報區。
二是，M503是國際民航組織指定的代碼，而開通M503完全是經濟發展與航空安全的需求所做出的決定。
三是，2014年現有航路每天有1200多個航班飛行通過，其中有43﹪是國際航班，航班的準點率只有46﹪，為了緩解航班壓力，提高安全水平與準點率所做出的決定。
四是，國際駕駛員聯合會主席、國際航協理事長、香港民航處等，都曾寫信給大陸，希望大陸民航局能夠儘速使用M503這條航線。
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