校長的聲明
“出版後同儕審閱(Post-Publication Peer Review)”是一個有制式規定的專業組織。2016年11月1日，學術論文網路討論平台PubPeer對於郭明良與林明燦為通訊作者，發表在Natural Cell Biology的論文提出質疑，指控論文中有多張圖表涉嫌造假。11月14日，PubPeer又爆出台北醫學大學癌症生物學與藥物研發博士學位學程主任鄭雅文於2005~2016年期間發表的論文，共有8篇文章涉嫌造假。兩天後，科技部長在立委質詢時表示：“科技部要求台大在一個月內交出調查報告，若調查確實違反學術倫理屬實，科技部將會追回部分已補助款項。”
隔日，PubPeer上揭露郭明良教授有違反學術倫理疑慮的論文高達10篇，這些論文登在Cancer Cell, Journal of National Cancer Institute等在癌症研究領域有高影響力的期刊，其中包含現任台大校長楊泮池列名共同作者的4篇文章。
11月19日，台大校長楊泮池召開記者會，表示其列名作者的4篇文章有3篇皆已完成勘誤，其中一篇尚在聯絡中。他只是“提供肺癌細胞株研究素材”及研究方向。他說，學術合作是根據“信任”，信任你的合作夥伴，他只“專注看自己的部分”，“要是不建立機制，以後沒一個老師敢跟大家合作，我怎麼知道你的學生有沒有問題”？未來除了加強“研究生的倫理教育”，也會引進美國先進的軟體幫忙檢查，讓這些事情不要發生。
台灣大學則表示已成立特別委員會，7位委員中包括2位校內學者、5位校外專家（其中3位為院士級），會獨立運作，“公正審理此事”，預計12月底能完成。如果有“蓄意造假”，一定會嚴肅看待和嚴懲。
掛名浮濫
台大校長的說法顯示：在他看來“論文掛名”是台灣學術界中的“正常”現象，第一線研究生的“蓄意造假”才是違反學術倫理。但台大的記者會卻留下了許多啟人疑竇的空間：許多人懷疑的是，校長涉入學術倫理案件，由校長指派的副校長擔任調查委員會召集人，他能夠“公正審理此事”嗎？
台大表示：對“蓄意造假的作者”追究責任，但卻完全不提“掛名”的問題。其實台灣學術倫理敗壞的根源，除了“造假”和“抄襲”之外，更嚴重的是浮濫“掛名”。仔細檢視這些被“踢爆”的論文，我們不難發現：其“作者群”除了負責執行實驗的研究生和指導教授之外，還有一串的“關係人士”，這些人大多是掌握住各種不同研究資源的行政官僚，他們跟這篇論文的研究可能有點關係，也可能完全沾不上邊，但研究生和指導教授為了“拉關係”，便把這些“有力人士”的名字掛上，以壯大自己“研究團隊”的聲勢。
作為美國學術殖民地的台灣，教育部和科技部在審查計劃和各種獎項的時候，對於已經發表的論文，通常都是以作者掛名順序換算點數，或計算在SCI和SSCI期刊上發表論文的篇數，很少會去檢視論文的實質內容。掛名論文的篇數愈多，表示一個人的“學術人脈”愈是紮實，許多“官學兩棲”的人物，便藉此累積聲望，由系主任、院長、校長，一路上扶搖直上，甚至可以幹到部長或國家副元首。他們明明知道台灣學術風氣敗壞的原因，但是為了鞏固自己的權位，仍然是裝聾作啞，避重就輕，不願意輕易改變分配學術資源的遊戲規則，以免妨礙自己的既得利益。
“自律”精神
依照國際醫學期刊編輯委員會（ICMJE, International Committee of Medical Journal Editors）的規定，要列名成為一篇學術論文的作者，必須同時符合四個原則：一、對研究有實質貢獻；二、嚴謹參與論文重要部分的撰寫；三、參與定稿的核可；四、同意對論文所有部分的正確性及誠信負責。今天台大校長掛名的論文出了事，他卻表示自己只是“提供肺癌細胞株研究素材”、“專注看自己的部分”、“我怎麼知道你的學生有沒有問題”？在這種情況下，調查委員會要如何證明他是否“蓄意作假”？
至於說要“加強研究生的倫理教育”，更是令人感到奇怪。在《以學術作為志業》一文中，德國社會學大師韋伯（Max Weber, 1864-1920）認為：一個真正的學者，一定要有“知識的誠篤”（intellectural integrity），對解決他所認定的重大學術問題，能持之以恆地追究到底。儒家最重視的人生價值是“誠”，《中庸》上說：“不誠無物，至誠無息，不息則久，久則徵，徵則悠遠，悠遠則博厚，博厚則高明”，這跟韋伯是相通的。
倫理與道德最重要的精神是“自律”。領導人必須以身作則，嚴以律己。令人遺憾的是：從1994年啓動教改之後，台灣在政治勢力的主導下，一批所謂“自由派”的知識分子不懂得轉化傳統既有的倫理資源，反倒一面搞“去中國化”，一面在教育上“全盤美化”，打著“與國際接軌”的招牌，用邯鄲學步的方式，照搬照套美國的研究模式。結果便造成台灣學術界“良知理性分裂”的現象，應該是最講究理性的學術研究人員，卻完全不知“良知”為何物。
學術自我殖民
最近《倫理帝國主義》一書的中譯本在台灣問世。這本書的作者Schrag很詳實地指出：美國倫理審查IRB的制度設計者並沒有仔細考量：不同學門的研究者與研究參與者之間有全然不同的關係；熱衷推動制定規範的官員，大多是公共衛生研究者或出身自公衛領域，他們通常將社會科學家排除在外，單單基於醫學研究的考量，定下十分嚴苛的倫理準則，要求各領域的研究者“一體遵照”，而忘掉倫理“自律”的精神，從來不懂得要求自己。
作為美國學術殖民地的台灣，不僅美國的研究範式照搬照套，美國的IRB全盤移植，連制定倫理準則的程序，也幾乎是全面複製。可是西方要求學術研究必須有“知識之誠篤”的“自律”精神，卻是“橘逾淮而為枳”，怎麼學都學不來。
台大召開記者會後，不久中央研究院院長廖俊智以“守護學術良知”為名，發了一封信給院內同仁，信中同樣只提論文“造假”與“抄襲”，卻迴避“掛名”爭議，顯然是避重就輕，不敢面對國內學術研究風氣敗壞的根本問題。
拉幫結派與近親繁殖
中研院的論文“掛名”問題，比國內其他研究機構可說是有過之，而無不及。李遠哲擔任院長之初，中研院預算30億，其後二十幾年，總預算增加五倍，104年度耗用150億預算，設立許多“研究中心”，傾全院之力在搞“技轉”；而其歷年“技轉”累計下來的授權金，一年仍然不足五千萬，只有其預算的三百分之一！
學術界的圈內人都瞭解：以“產學合作、技術移轉”為目的寫成的論文，如果不能達到“技轉”的效果，就變成“垃圾論文”。中研院技轉的成績乏善可陳，只好以“論文發表”來掩人耳目。
以中研院“近3年重要成果論文代表作”來看，其自然科學領域所發表的論文特色，是一篇篇短短數頁的論文，往往有數位作者掛名，掛名作者多達十餘人者，也是屢見不鮮。
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