這是我國迄今考古發掘的最早石城門，其結構異常複雜。發掘顯示：它主要由“外甕城”、兩座包石夯土墩台、曲尺形“內甕城”“門塾”等部分組成，這些設施以寬約9米的“『”形門道連接，總面積約2500平方米。
東門遺址屬於整座城的地勢最高處。石墻墻體寬約2.5米，保存最好處高出龍山晚期地面4米。整個外城的東南角與其相連，地勢開闊，位置險要，堪稱整個古城的樞紐地帶。
曾在考古現場考察過的四川省考古研究院院長高大倫認為，從總體上講，石峁古城打破了中國夯土築城的傳統認知，其東門遺址無疑是目前考古發掘所見最早的石城門，其功能和結構的複雜性尚有待探討，其在黃河文明史、甚至人類文明史上的意義都是難以估量的，在中華文化史上的地位堪稱“華夏第一門”。
48個人頭骨
此次考古發掘，首次考古發現7件玉器，其中完整的6件，主要是玉鏟、玉璜等，最長的玉鏟有18厘米長。
不過，這些玉器出土的地點都十分奇特―――在城墻裡。
石峁考古隊隊員邵晶此前聽當地老鄉講，上世紀九十年代開始，大批玉器流散出來，出土的地點是就石頭墻裡面。“我們當時還有些懷疑。後來發掘證實老鄉說的是對的，我們這些玉器出土有兩種情況，一種是在傾斜的石墻裡面，第二種就是在倒塌的石墻堆積裡面。”
考古隊認為，這也為流散在海內外的石峁玉器找到了確切的時代依據和文化背景，證實其有4000年歷史。
考古中另一個出乎意料的發現，是遺址下層地面下出土了48個人頭骨―――考古隊找到了集中埋置人頭骨的遺跡兩處。
這兩處人頭骨擺放方式似有一定規律，但沒有明顯的挖坑放置跡象，每處各有24個頭骨。
經初步鑒定，這些頭骨以年輕女性居多，部分頭骨有明顯的砍斫痕跡，個別還有灼燒跡象。考古人員推測：這些頭骨可能用於4300年前城墻修建時的奠基或祭祀活動。
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