該會強調並非“階段性”的智庫角色，將一直持續舉辦活動，並接研究案，也是游錫持續發揮政治影響力的機構。
（五）凱達格蘭學校：代表扁系的智庫，本來在陳水扁時代，黨內由他親自創辦的“凱達格蘭學校”，可比擬為民進黨的“黨校”，風光一時。首任校長還是總統府秘書長陳師孟轉任，副校長是曾任黨副秘書長的游盈隆，之後由“國師”李鴻禧接棒，催生新憲法；中華開發前董座陳敏薰為第一期學員，備受媒體注目。隨著扁下台和被羈押，前政院公平交易委員會主委卸任後轉任凱校校長的黃宗樂表示已經暫時停擺，該校已不復昔日“天子門生”的光彩。
（六）、群策會：親台聯的群策會為前總統李登輝創辦，訴求“引領民主自由、落實台灣優先、促進政治穩定、提振經濟發展、維護國家主權”，以“行動智庫”為使命，該會開辦“李登輝學校”，培養各只領袖。李登輝先生為了持續推動他過去所致力的民主化、本土化的改革，於2001年12月間號召台灣社會有志之士成立“群策會”，盼藉此凝聚並發揮民間力量，深化台灣民主、提昇台灣主體意識。
群策會是連結國民黨本土派的管道和發揮政治影響力的舞台，副總統蕭萬長、前考試院長許水德、立法院長王金平等昔日李部屬都曾是群策會座上賓，
學者問政個人色彩濃厚
第二種是學者型智庫，主事者為學者出身，因此這些智庫以建立政策智庫為職志，和前述智庫不同，未著重培養個人子弟兵的功能。
（一）、台灣新世紀文化基金會：陳隆志博士創辦，於1997年9月依法登記正式成立“財團法人陳隆志新世紀文教基金會”，是台灣國內少數民間智庫之一，2001年5月正式改名為“財團法人台灣新世紀文教基金會”。
該基金會目標是確保台灣的國家主權與安全，提昇台灣的國際地位，樹立健全的民主憲政、尊重人權法治，發展經濟、人文科技國，建立以台灣為主體的文化與多元的公民社會，在地球村永續發展。
（二）、彭明敏文教基金會：獨派大老彭明敏創辦，旨在對台灣所面臨之歷史新課題以及當前社會諸問題，進行各種研究與討論，並舉辦溝通意見、凝聚共識的各種會議；並培育具有國際視野、有創造性之新時代青年，以養成台灣社會各層面所需之人才；促進國際文化及學術交流，設立“台灣國際論壇”邀請世只各國人士來台，就台灣在世只範圍之相關問題合作研究、發表演說、進行研討；發行有聲及無聲出版品；受託從事與本會宗旨有關之研究或公益活動。
專業智庫提供政策人才
第三種是專業型智庫，專業型智庫主要指研究課題，必須強調這類智庫不能算“綠營”智庫，只是較具本土色彩，加上其成員曾在綠色執政時被重用。
（一）、國策研究院：前身為1989年由長榮集團總裁張榮發所資助的國策中心，於1998年轉型為國策院，國策中心前主任、也是國策院現任董事長的田弘茂曾在陳水扁2000年當選總統後出任扁政府首任外交部長，任內著重與美智庫合作，多次赴美拜訪該地負責“閉門會議”的多個重要智庫。前外交部研究設計委員會主委羅致政也曾赴國策研究院擔任執行長，前台聯主席黃主文、前新聞局長黃輝珍曾任正、副院長，是昔日本土陣營最知名智庫。
張榮發因與扁政府兩岸政策不同而漸行漸遠，該院綠色色彩褪除，目前進駐張榮發基金會買下的前國民黨中央黨部大樓。
（二）、台灣經濟研究院：早在1976年成立的台經院，是台灣民間最早成立的專業學術機構，由前海基會董事長辜振甫創辦，首任院長是知名經濟學者蔣碩傑，蔣之後又去創辦由政府撥款成立的“中華經濟研究院”。台經院之所以被視為本土智庫，在於台經院前院長劉泰英為李登輝重用，另一前院長吳榮義則在謝長廷內閣出任行政院副院長，現任院長洪德生曾是陳水扁當台北市長時的財政局長，在扁執政時多次被傳將入閣，但都僅止於傳聞，不過也可看出該院財經人才備受綠營看重。
（三）、台灣綜合研究院：成立於1994年，研究經費來自過內外公民營單位及政府機構，研究人員碩士以上學歷佔人力結構最主要比例，堪稱目前研究機構中編制最為完整之研究院之一。
組織分為：董事會、院長室、研究一所、研究二所、研究三所、一個諮詢委員會、行政處、圖書館。以李登輝為榮譽董事長的台綜院，在李當總統時受器重，還有負責國際關係與戰略的第四所，與國安單位關係密切；日前由前新聞局長黃輝珍接任董事長，廢除第四所，朝單純的財經專業智庫發展。
街頭運動傳達台獨理念
第四種可稱為“運動型智庫”：
（一）台灣社等社團：台灣北社創立於2001年6月16日，是繼2000年高雄南社、台中中社之後成立，與2001年9月16日於花蓮成立的東社，合稱台灣四社。四社的成員涵蓋醫生、學者、律師、文化只及企業只之專業人士，共同的理想是打造台灣成為一個獨立自主、公義進步的現代國家，四社可說是運動型智庫的代表。部分成員又以聯盟方式成立“台灣社”，並結合以媒體人為主的“台灣角社”、客家人的“台灣客社”、原住民的“台灣原社”、青年人為主的“台灣青社”，涵蓋了本土各只菁英，透過各種座談、街頭運動，傳達理念。
（二）、台灣教授學會：和四社一樣為街頭運動常客的“台教會”，為1990年就組成的學術性社團，標榜為政治民主、學術自由、社會正義、經濟公平、文化提昇、環境保護奮鬥。前會長蔡丁貴曾擔任扁政府時代的研考會副主委、環保署副署長。
（三）台灣國家聯盟：“台灣國家聯盟”的前身是李登輝擔任召集人的“手護台灣大聯盟”，去年改組，接續整合本土社團，推動各項國家正常化工作，由前考試院長姚嘉文擔任召集人。
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