橫亙在中日之間的第三個敏感因素是臺灣問題。在中日之間不斷升級的競爭關係中，臺灣問題起著火上澆油的作用，並可能造成軍事影響。
臺灣問題在中日關係中扮演戰略性角色事出有因。臺灣是中國藍水海軍從南面通向日本的關鍵門戶。一旦發生軍事衝突，如果中國潛艇試圖攻擊日本，從臺灣到菲律賓的海域就起著關鍵作用。不久前的一份日本白皮書分析了這種“中國威脅”，《美日安保條約》對此也有所涉及。對日本來說，失去臺灣意味著中國潛艇可從南面進入日本海域，從而從南中國海對日本構成包圍之勢。因而，對於日本來說，臺灣是防守中國的天然屏障，具有重要的戰略價值。
此外，臺灣是包括日本、韓國、菲律賓和澳大利亞在內的美國戰略安全保護傘的重要一環。日本謀求以此制約正在崛起的中國。中國將此舉視為對其戰略利益的威脅。臺灣和日本對美國戰區導彈防禦系統的支援也加深了北京的擔憂。
此外，北京認為臺灣的“獨立勢力”與日本的“軍國主義右翼分子”相互勾結。不過，明顯改變中日關係的是日美2005年2月作出的一項聲明。該聲明稱日美在臺灣問題上擁有共同的安全考慮。這表明東京願意對抗中國在該地區日益增強的實力，也凸顯臺灣在中日競爭中的決定性作用。
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